bitácora de uno

Si dices en una fiesta que trabajas en bioinformática a lo mejor molas más - seguro - que si dices que trabajas en informática. Hace unos meses yo me imaginaba miembros biónicos y chips empotrados en mi cerebro. No es así.

Principalmente se trata de procesar información que proviene de experimentos médicos, químicos y biológicos y de los artículos publicados, mediante procesos, herramientas y algoritmos matemáticos e informáticos (si esto último existe… quizás debería escribir algoritmos a secas).

Todo lo que sea procesamiento paralelo para problemas enormes divisibles en otros más pequeños, extracción de patrones sobre grandes cantidades de información, data-mining, clasificación de textos viene fenomenal para los problemas que aborda la Bioinformática.
Algunos tipos de problemas a los que se enfrenta:

• Buscar una cadena de letras en otra enorme que es el ADN humano.
• Comparar dos cadenas y metiendo espacios (mutaciones) en una y otra sacar la mejor posición relativa entre ambas. Alineamiento.
• Tengo una nueva proteína y quiero saber cuáles son las 10 más parecidas de una base de datos de millones de ellas.
• Quiero los textos de los artículos que más puedan tener que ver con estos datos en crudo que tengo por aquí.
• Deducir la estrucutura tridimensional a partir de la secuencia de aminoácidos de una proteína que aparece en la fase terminal de determinada enfermedad.
• Un millón de problemas más….

Más de una vez me he quedado atascado cuando he tenido que echar mucho esfuerzo para que funcionara algún software o una instalación informática y cuando la traicionera prisa me dejaba pensar me daba cuenta de lo asqueroso que era perder las horas (compañeros y compañeras sin ver a sus hijos un fin de semana) para que saliéra a producción una aplicación que está demostrado que podía haber salido mañana o pasado y que en algún caso se ha empezado a utilizar al mes de la fecha “inamovible”.

Esto de la bioinformática me atrae por aquello de aprender nuevos conceptos, cómo funciona la vida a nivel celular, tocar y ayudar en problemas frontera, y con la posibilidad de una utilidad más clara, más humana que la de que haya o no una nueva página Web para la mierda que sea.

Os dejo el enlace a la presentación en PDF sobre Aplicación del Procesamiento Paralelo en GPUs (CUDA) al Alinemiento de Secuencias en Bioinformática que llevé como trabajo en la asignatura de Modelado de Sólidos y Técnicas de Visualización en el máster de investigación de la Universidad Complutense de Madrid.

Más trabajos sobre temas que me han interesado, aquí.